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個人開業医の診療所を引き継ぐ方法｜開設者の交代手続・建物と土地・患者と職員・医療法人化との比較

ノートパソコンを前に話す経営者と若い男性

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AEGIS

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個人で開業している診療所を引き継ぐことは、会社の株式を引き継ぐこととは仕組みが大きく異なります。個人開設の診療所では、開設者である院長個人が、診療所の建物・医療機器・借入れ・職員との契約・保険診療の指定のすべての「主体」になっているため、承継は「先代が診療所を廃止し、後継者が新たに開設する」という形で、手続きと資産を一つずつ移していくことになります。

準備の中心は、次の4つです。

  1. 開設者の交代手続（保健所・地方厚生局など）を、診療を途切れさせない段取りで進めること
  2. 建物・医療機器・診療所用地を、譲るのか、貸すのかを決めること
  3. 患者と職員を、信頼関係を保ちながら引き継ぐこと
  4. 税務と家族の財産配分を、承継の形と合わせて設計すること

この記事では、子への承継と第三者の医師への承継の両方を念頭に、個人開業医が承継の前に確認しておきたいことを整理します。

個人開設の診療所の承継は「廃止と開設」の組み合わせ

会社であれば、株式を後継者に移しても会社そのものは変わらず、契約や許認可は原則として会社に残ります。これに対して個人開設の診療所では、開設者が交代すると、制度上は先代の診療所の廃止と、後継者による新たな診療所の開設として扱われるのが基本です。

中小企業庁の事業承継ガイドラインでも、個人事業主は事業用資産を経営者個人が所有していることが多く、個々の資産を承継する必要があることが指摘されています。診療所はその典型で、次のようなものを一つずつ引き継ぐ必要があります。

引き継ぐもの個人開設での主体承継時に必要になること
診療所の開設院長個人先代の廃止の届出と、後継者の開設の届出
保険医療機関の指定院長個人の診療所後継者の診療所としての指定申請
建物・内装・医療機器院長個人の所有またはリース譲渡・贈与・相続・賃貸借、リース契約の名義変更
診療所用地・テナント契約院長個人の所有または賃借所有権の移転か賃貸借、賃貸人との契約変更
借入金院長個人の債務金融機関との協議（引受け・借換え・完済）
職員院長個人との雇用契約後継者との雇用関係への切替え
患者・カルテ院長個人の診療所事業の承継に伴う引継ぎと患者への説明

開設者の交代に伴う手続

保健所への届出

医師が個人で無床の診療所を開設した場合は、開設後に保健所へ診療所開設届を提出します。医療法では、届出の期限は開設後10日以内とされています（医療法8条）。一方、専門書籍では、実務上は図面を持参した事前相談や実地検査が欠かせないことが指摘されています。先代の診療所については、廃止した日から10日以内に廃止の届出が必要です（同法9条1項）。

診療所の許可・届出の取扱いは、自治体によって運用の細部が異なります。東京都も、診療所の許可・届出の手続きについては各保健所に問い合わせるよう案内しています。承継の時期が見えてきたら、早めに所轄の保健所に相談するのが確実です。X線装置を設置している場合は、その届出も新しい開設者として改めて必要になります。

保険医療機関の指定

保険診療を続けるには、後継者の診療所として地方厚生局の保険医療機関の指定を受ける必要があります。指定を受けるまでの間に保険診療の空白が生じないかが、承継実務で最も気になる点です。

この点について、地方厚生局は一定の場合に遡及指定（新しい指定の効力を開設日にさかのぼらせる扱い）を認めています。関東信越厚生局の案内では、令和8年9月1日以降、「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱いについて」（令和8年6月5日 保医発0605第2号）に基づいて運用されるとされ、次のような類型が示されています。

  • 個人開設者の死亡や病気により、親族や勤務医が引き継いで患者の診療を継続する場合
  • 同一都道府県内の至近距離（直線距離2km以内）への移転、または開設者のみの変更（個人から個人、個人から法人など）で、基本的な要件を満たす場合
  • それ以外の場合（原則として希望日の3か月前までに予定の届出と事前相談）

遡及指定が認められるかどうか、必要な書類や事前相談の要否は、承継の形によって変わります。承継日を決める前に、管轄の地方厚生局の取扱いを確認しておくことが大切です。

その他の手続

税務署には、先代の廃業届と後継者の開業届、青色申告の承認申請などを提出します。労災保険や生活保護法などの指定医療機関、雇用保険・社会保険の手続、医師会や取引先への連絡も、開設者の交代に合わせて必要になります。

建物・医療機器・診療所用地をどう引き継ぐか

承継の設計で判断が分かれるのが、資産を「譲る」か「貸す」かです。

方法主な場面確認したい点
売買（譲渡）第三者の医師への承継、親子でも対価を払う場合価格の根拠、先代の譲渡所得課税、後継者の資金調達
贈与親子間で生前に引き継ぐ場合贈与税の負担、他の家族との公平
相続（遺言）先代の死亡時に引き継ぐ場合遺言の有無、遺産分割の見通し、相続税の特例
賃貸借建物・土地は先代や家族が所有し続ける場合賃料水準、契約書、修繕の負担区分

子への承継では、建物と土地は親が持ち続けて子に貸し、医療機器だけを譲るという形がよく検討されます。この場合、親子間であっても賃貸借契約書を作り、賃料・修繕・契約期間を明確にしておくことが、後の相続や兄弟姉妹との関係を考えるうえで重要です。賃料を無償にするか有償にするかで、所得税や相続税の扱いも変わります。

診療所用地を親が所有したまま相続を迎える場合、一定の要件を満たせば、事業用の宅地として小規模宅地等の特例（400㎡まで80％減額）の対象になり得ます。また、個人の事業用資産にかかる贈与税・相続税の納税猶予（個人版事業承継税制）も、医業を含む個人事業の承継で検討対象になります。両者には選択関係があるため、制度の詳細は関連記事「個人版事業承継税制で個人事業を引き継ぐ」をご覧ください。

テナントで開業している場合は、賃貸人の承諾を得て賃借人の地位を後継者に移すか、新たに契約を結び直す必要があります。保証金の扱いや原状回復の範囲も、この段階で整理しておきます。

患者と職員をどう引き継ぐか

患者・カルテ

個人情報保護法では、合併その他の事由による事業の承継に伴って個人データが提供される場合、提供を受ける側は第三者に当たらないとされています（同法第27条第5項第2号）。そのため、事業の承継に伴うカルテの引継ぎ自体は可能と考えられます。

ただし、法律上可能であることと、患者が安心して通い続けてくれることは別の問題です。承継の時期や後継医師の紹介を、院内掲示や診察時の説明などで丁寧に伝え、一定期間は先代と後継者が並行して診療するなど、患者が「担当医が替わる」ことを受け入れられる時間をつくることが、承継後の経営の安定につながります。

職員

個人開設の診療所では、職員の雇用主は開設者個人です。開設者が替われば雇用契約の当事者も替わるため、労働条件を引き継ぐのか、見直すのかを決め、職員一人ひとりに説明して合意を得る必要があります。退職金の扱いや有給休暇の残日数など、先代の時代の取決めの精算方法も確認しておきます。

第三者の医師に引き継ぐ場合

子が医師でない、あるいは継がない場合は、第三者の医師への承継が選択肢になります。稼働中の診療所を患者・職員ごと引き継ぐ形と、休診後に内装や医療機器が残った状態で譲る形とでは、患者が戻る見込みも価格の考え方も異なります。

専門書籍では、売り手は借入金の残額に営業権を上乗せした価格を求めがちである一方、患者数の少ない診療所では内装や医療機器がほとんど評価されないこともあると指摘されています。価格だけでなく、承継後に先代がどの程度診療に関わるか、建物や土地を貸し続けるのかといった条件を含めて交渉することが現実的です。個人事業を第三者に譲るときの全体像は、関連記事「個人事業を第三者に譲る方法」で扱っています。

医療法人化してから引き継ぐという選択肢

承継の前に診療所を医療法人にしておけば、承継は「理事長の交代」と「社員・役員の入替え」で行えるようになり、開設者の交代に伴う手続きの多くを避けられます。一方で、次のような点も比較が必要です。

比較の観点個人開設のまま承継医療法人化してから承継
承継の手続廃止と開設、指定の取り直しが必要理事長・役員の交代が中心
設立の手間—都道府県の認可が必要で、受付時期が限られることがある
財産の帰属資産は院長個人のもの法人の財産と個人の財産が分かれる
運営上の負担個人の確定申告決算の届出、役員変更の届出・登記など
解散時—現在設立できる医療法人は出資持分がなく、残余財産の帰属先に制限がある

医療法人の設立には、都道府県知事の認可が必要です。認可の受付時期や必要書類は都道府県によって異なるため、承継の時期から逆算して、法人化の要否を早めに判断する必要があります。医療法人化そのものの是非や、開業時の形の選び方は、関連記事「医師・士業が独立開業するときの形の選び方」も参考になります。

実務上注意したいポイント

  • 承継日を先に決めない：保健所・地方厚生局への相談と、遡及指定の可否を確認したうえで、承継日を確定させます。
  • 借入金とリースの扱いを早めに金融機関と相談する：個人の債務は自動的に後継者へ移りません。引受け、借換え、完済のいずれにするかで、後継者の資金計画が変わります。
  • 親子間でも契約書を作る：建物・土地の賃貸借、医療機器の譲渡価格などを書面で残しておくと、相続時の説明や他の家族の理解が得やすくなります。
  • 他の家族への配分を同時に考える：診療所の資産を後継者に集中させると、医師でない兄弟姉妹との公平が問題になることがあります。遺言や生前の財産配分と合わせて検討します。

AEGISの視点

開業医の承継では、手続きの多さに目が向きがちです。しかしAEGISは、承継の成否を左右するのは手続きそのものよりも、「診療所という事業」と「院長個人の財産」をどこで切り分けるかという設計だと考えています。

個人開設の診療所では、建物や土地、医療機器、預金、借入れが院長個人の財産と一体になっています。承継を機に、事業に必要な資産と、院長個人と家族の生活・老後のための資産を分けて整理すると、「何を後継者に渡し、何を手元に残し、何を他の家族に配分するか」が見えてきます。建物や土地を院長側に残して賃貸する設計は、後継者の初期負担を抑えつつ、先代の老後の収入源にもなりますが、その場合は不動産として長く管理し続ける視点も必要になります。

また、地域の患者にとって診療所は生活の一部です。承継を「資産の移転」だけでなく、「地域医療の担い手の交代」として、患者や職員への伝え方まで含めて準備することが、結果として事業価値を守ることにつながるとAEGISは考えています。

事業承継の全体像は「事業承継は何から始めるべきか」で整理しています。

承継に伴う資産税務の論点については、アイジス税理士法人の専門領域でもAEGISの考え方を紹介しています。

まとめ

  • 個人開設の診療所の承継は、先代の廃止と後継者の開設を組み合わせる形で進めるのが基本です。
  • 保健所への届出、地方厚生局の保険医療機関の指定（遡及指定の可否を含む）を、診療を途切れさせない段取りで準備します。
  • 建物・医療機器・診療所用地は、譲るか貸すかを決め、親子間でも契約書で条件を明確にします。
  • 患者情報は事業の承継に伴って引き継ぐことができますが、患者・職員への丁寧な説明が承継後の安定を左右します。
  • 医療法人化してから承継する方法もありますが、設立の手間や運営の負担と比べて判断します。具体的な取扱いは、自治体・地方厚生局の運用や個別事情によって異なります。

よくある質問

Q. 親が院長の診療所を子が継ぐ場合も、新規開設の扱いになりますか？

個人開設の診療所は院長個人が開設者のため、開設者が親から子に替わる場合は、先代の診療所の廃止と後継者による開設として手続きを行うのが基本です。保険医療機関の指定についても後継者の診療所として申請が必要ですが、開設者のみの変更など一定の場合には遡及指定の取扱いがあります。具体的な扱いは管轄の保健所・地方厚生局に確認してください。

Q. 承継の前後で保険診療ができない期間は生じますか？

遡及指定が認められれば、新しい開設日にさかのぼって保険医療機関として扱われるため、空白を避けられる場合があります。ただし、認められる類型や事前相談の要否が定められているため、承継日を決める前に確認することが重要です。

Q. カルテは患者の同意なしに後継者へ引き継げますか？

個人情報保護法では、事業の承継に伴う個人データの提供は第三者提供に当たらないとされています。そのため引継ぎ自体は可能と考えられますが、患者への周知や説明を丁寧に行い、患者の意思を尊重する姿勢が大切です。

Q. 診療所の土地と建物は、子に贈与したほうがよいですか？

一概にはいえません。贈与すれば後継者が自由に使えますが、贈与税の負担や他の家族との公平の問題が生じます。親が所有したまま子に貸す方法、相続時に引き継ぐ方法などと比べ、税負担・家族の配分・親の老後の収入を合わせて判断します。

Q. 承継の前に医療法人にしたほうが有利ですか？

医療法人化すると承継手続きは簡素になりますが、設立には都道府県の認可が必要で、決算や役員変更の届出など運営の負担も増えます。現在設立できる医療法人は出資持分がないため、財産の帰属の考え方も変わります。承継までの期間や診療所の規模を踏まえて比較することが必要です。

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  • 個人事業の継続と承継：個人事業を長く続け、次世代へ引き継ぐための準備として、事業資金・民事信託（いわゆる家族信託）・遺言・契約・金融機関対応を確認します。
  • 事業承継：後継者、経営権、資金、ご家族の意向を確認し、承継の計画から実行までを支援します。
  • 不動産管理と実行管理：賃料・空室・修繕・返済・会計・税務をつないで、収益不動産の管理を支援します。
  • 事業オーナーの方へ：会社と株式、ご家族の承継を一つの計画として整理する、AEGISの支援の流れをまとめています。
  • 社会貢献型事業承継：自社株・経営権・ご家族への配分と、社会貢献の形を一つの設計として検討します。

参考資料・出典

公的資料・一次情報

書籍

  • 『税理士・公認会計士のための 医業経営コンサルティングの実務ノウハウ（第2版）』西岡秀樹 著、中央経済社、P.172-182、P.183-187、P.206-211
  • 『Q&A医療機関の組織変更の実務と税務 第3版』税理士法人山田&パートナーズ 編、財経詳報社、P.236-240

この記事の監修者

監修者 保手浜 洋介

保手浜 洋介

ほてはま ようすけ

公認会計士・税理士・宅地建物取引士｜アイジスグループ代表

相続税・資産税、事業承継、非上場株式評価、 不動産保有設計、ファミリーオフィス業務を 専門領域とする。

税務・会計の専門知識を基盤に、 事業オーナーや資産家の資産管理、 事業承継、財産承継に関する助言を行う。

AEGIS Knowledgeでは、税務・資産管理・ 事業承継等に関する記事の専門的な監修を担当する。

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