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株式譲渡と事業譲渡の比較ポイント｜会社・オーナー・買い手それぞれから見た違い

契約書に署名する二者の手元

執筆者:

AEGIS

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会社を第三者に引き継ぐ方法として、よく比較されるのが「株式譲渡」と「事業譲渡」です。どちらも会社の事業を相手に渡すという点では同じですが、誰が売り手になり、誰が対価を受け取り、何が相手に引き継がれるかがまったく異なります。

結論から言えば、株式譲渡は「会社をまるごと渡す」方法、事業譲渡は「会社の中から事業を切り出して渡す」方法です。中小企業のM&Aでは株式譲渡が選ばれることが多い一方、引き継ぐリスクを限定したい場合や、一部の事業・資産を手元に残したい場合には、事業譲渡が検討されます。この記事では、会社・オーナー・買い手の3つの立場から、両者の違いを整理します。

株式譲渡と事業譲渡とは

株式譲渡：株主が会社の株式を売る

株式譲渡は、会社の株主（多くの場合はオーナー）が、保有する株式を買い手に売却する方法です。会社そのものは何も変わらず、株主が入れ替わるだけです。会社の資産・負債・契約・従業員との雇用関係は、原則としてそのまま会社に残り、買い手は株主として会社を支配することになります。

事業譲渡：会社が事業を売る

事業譲渡は、会社が営んでいる事業の全部または一部を、買い手に売却する方法です。売り手は株主ではなく会社自身で、対価も会社に支払われます。引き継ぐ資産・負債・契約・従業員は、売り手と買い手の合意で個別に決め、それぞれについて移転の手続きが必要になります。

なお、事業を切り出す方法としては会社分割もありますが、この記事では基本となる株式譲渡と事業譲渡に絞って比較します。

3つの立場から見た違い

両者の違いを、会社・オーナー・買い手の立場ごとにまとめると、次のようになります。

立場観点株式譲渡事業譲渡
会社売り手は誰か株主（会社は当事者ではない）会社
会社売却後の会社買い手の子会社として存続売り手の会社として存続（残った事業・資産とともに）
会社従業員・契約原則そのまま継続個別に移転（従業員の同意、取引先との再契約等が必要）
オーナー対価の受取りオーナー個人が直接受け取る会社が受け取る（個人に移すには配当・清算等が必要）
オーナー税金個人の株式譲渡益に課税会社の譲渡益に法人税等、個人に分配する段階でも課税
オーナー手元に残せるもの原則として会社ごと渡す（残したい資産は事前に整理）譲渡しない資産・事業を会社に残せる
買い手引き継ぐリスク簿外債務・過去の税務リスク等も含めて引き継ぐ引き継ぐ資産・負債を選べる
買い手手続きの負担比較的簡便資産・契約・許認可ごとの移転手続きが必要
買い手取得時の税金株式の取得自体に消費税はかからない土地・有価証券以外の資産等は消費税の課税対象。不動産の移転には流通税もかかる

※一般的な比較です。具体的な取扱いは、取引の内容や当事者の状況によって異なります。

以下、それぞれの立場から主な論点を見ていきます。

会社から見た違い

株主の同意の取り方

株式譲渡では、株式を持つ一人ひとりが売るかどうかを決めます。買い手は通常、発行済株式のすべての取得を望むため、株式が親族や元役員などに分散している場合は、M&Aの前に主要株主のもとに株式を集めておく必要があります。売却に応じない株主や所在の分からない株主がいると、取引が難しくなることがあります。

一方、事業譲渡は会社の行為なので、事業の全部や重要な一部を譲渡する場合には、原則として株主総会の特別決議による承認が必要とされます（会社法467条1項・309条2項。譲渡する資産が総資産額の5分の1以下の場合などの例外があります）。一部の株主が反対していても、決議で承認が得られれば手続きを進められる点は、株式譲渡との大きな違いです。

従業員と取引先

株式譲渡では、会社と従業員の雇用契約はそのまま続きます。事業譲渡では、従業員が買い手の会社に移るために、原則として従業員一人ひとりの同意が必要です（民法625条1項）。勤務条件や社風が変わることに不安を感じ、移籍を望まない従業員が出る可能性もあります。

取引先との契約も、株式譲渡では会社が当事者のまま続きます（ただし、株主の変更に関する定め＝チェンジ・オブ・コントロール条項がある場合は確認が必要です）。事業譲渡では、契約上の地位を移すことに相手方の承諾が必要になるのが一般的で、実務上は契約を結び直すケースが多くなります。

許認可

事業に必要な許認可は、株式譲渡であれば会社が保有したまま維持できる場合が多いのに対し、事業譲渡では買い手側で新たに取得し直す必要がある場合があります。取得に時間がかかる許認可がある事業では、スケジュールに大きく影響します。

オーナーから見た違い

対価を受け取るのは誰か

株式譲渡では、売却代金は株主であるオーナー個人が直接受け取ります。事業譲渡では、代金を受け取るのは会社です。オーナーが個人として資金を受け取るには、会社から配当を受けるか、会社を清算して残った財産の分配を受けるなどの手続きが必要になります。

税金のかかり方

株式譲渡の場合、個人が非上場株式を譲渡して得た利益は、他の所得と分けて課税される申告分離課税の対象です。税率は所得税15%・住民税5%の合計20%で、平成25年から令和29年までの各年分は、これに加えて基準所得税額の2.1%の復興特別所得税がかかります（国税庁 タックスアンサーNo.1463）（令和9年分以後は、復興特別所得税が基準所得税額の1.1%に引き下げられ、新たに防衛特別所得税〔同1%〕が併せて課されます。合計の負担率は変わりません〔国税庁 タックスアンサーNo.1522・No.1000〕）。

事業譲渡の場合、まず会社に事業の譲渡益が生じ、法人税等の対象になります。その後、会社に入った資金をオーナー個人に移す段階で、配当などとして改めて個人に課税されます。会社段階と個人段階の二段階で課税されるため、オーナーが最終的に個人で受け取る金額という観点では、株式譲渡のほうが有利になるケースが多いとされています。

ただし、これは「売却代金をすべて個人で受け取りたい」場合の比較です。会社に資金を残したまま、次の事業や資産運用に使うのであれば、比較の前提が変わります。

役員退職金との組み合わせ

株式譲渡に伴ってオーナーが役員を退任する場合、会社から役員退職金を受け取ることも検討されます。退職金は退職所得として、収入金額から退職所得控除額を差し引いた額の2分の1が課税対象となり、他の所得と分けて税額を計算するのが原則です（国税庁 タックスアンサーNo.1420）。ただし、役員等としての勤続年数が5年以下の場合（特定役員退職手当等）には2分の1の計算が適用されないなどの例外があります。

会社にとっても、適正な範囲の退職金は損金になるため、買い手との間で「株式の価格」と「退職金」の配分を調整することがあります。もっとも、退職金の額が不相当に高額と判断されると、その部分は会社側で損金に算入できないリスクがあり（法人税法34条2項）、他の株主がいる場合には株主間の公平も問題になります。金額の妥当性は慎重な検討が必要です。

手元に何を残すか

事業譲渡の大きな特徴は、譲渡しない資産や事業を会社に残せることです。たとえば、本業は事業譲渡で買い手に引き継ぎ、会社には賃貸用の不動産を残して、資産管理会社として次の世代に引き継ぐ、という設計も考えられます。

株式譲渡でも、会社が持つ不動産などを売却前にオーナー個人や別会社に移すことで、手元に残すことは可能です。ただし、移す際の税負担や、買い手との価格調整が必要になります。

売却後のオーナーの立場

株式譲渡では、一定の引継期間を経て、オーナーは会社から離れるのが一般的です。事業譲渡では、事業を手放しても会社は残るため、残った会社を清算するのか、資産管理会社として続けるのかを決める必要があります。

買い手から見た違い

引き継ぐリスクの範囲

株式譲渡では、会社の権利義務をすべて引き継ぐため、帳簿に載っていない債務（簿外債務）や、将来の訴訟、過去の税務処理の誤りといったリスクも、会社とともに引き継ぐことになります。買い手はDD（デュー・ディリジェンス）で調査し、最終契約の表明保証や補償でリスクを手当てしますが、売り手に十分な資力がなければ、補償を受けられないこともあります。

事業譲渡では、引き継ぐ資産・負債を選べるため、偶発的な債務のリスクを抑えやすくなります。ただし、取引の形態によっては、売り手側の税金の負担が及ぶ規定もあるため（たとえば、親族や同族会社など売り手と特殊な関係にある者が事業を譲り受け、同一・類似の事業を営む場合の第二次納税義務〔国税徴収法38条〕）、事業譲渡なら一切リスクがないとは言えません。

税務上のメリット

事業譲渡で事業を取得した場合、買い手は取得した資産を時価で計上でき、資産の価値を超えて支払った部分を税務上ののれん（資産調整勘定）として、原則5年（60か月）にわたり均等に損金に算入できる場合があります（法人税法62条の8）。株式譲渡では、取得した株式は資産として計上され、のれん相当額の償却による税務上のメリットは通常ありません。

一方、事業譲渡では、土地や有価証券以外の資産（建物、機械、のれんなど）の譲渡は消費税の課税対象となり（国税庁 タックスアンサーNo.6201：土地の譲渡や株式等の譲渡は非課税）、不動産を取得する場合には不動産取得税や登録免許税もかかります。株式の譲渡は消費税が非課税で、不動産の名義も変わらないため、これらの流通税は生じません。

実務上注意したいポイント

「どちらが有利か」は立場によって逆になる

オーナーにとって手取りが多くなりやすい株式譲渡は、買い手にとっては引き継ぐリスクが大きく、税務上ののれんのメリットも得にくい方法です。反対に、買い手にとってメリットの大きい事業譲渡は、オーナーにとって二段階課税となりやすい方法です。方法の選択は、どちらか一方の損得ではなく、価格を含めた条件全体の交渉の中で決まっていくものです。

方法の選択は、準備の内容を変える

株式譲渡を前提にするなら、株式の整理・集約や、会社全体の会計・契約・労務の点検が重要になります。事業譲渡を前提にするなら、譲渡する資産・契約・従業員の範囲と、残る会社の将来像を早めに考える必要があります。売り手としての準備については、関連記事「M&Aの前に整えたい会計・契約・組織」で解説しています。

数値での比較は前提条件をそろえて

税負担の比較は、会社の純資産や含み益、オーナーの株式の取得費、退職金の有無、売却代金を個人と会社のどちらに残したいかといった前提によって結論が変わります。一つの前提だけで「株式譲渡が得」「事業譲渡が得」と決めつけず、複数の前提で試算して比べることが大切です。

AEGISの視点

株式譲渡と事業譲渡の比較は、税金の比較として語られがちです。しかしAEGISは、この選択を「売却後、オーナー家に何を、どの形で残すか」を決める所有設計の問題と捉えています。

たとえば、会社が本業とは別に賃貸不動産を持っている場合、株式譲渡ではその不動産をどうするかが論点になり、事業譲渡では不動産を会社に残して資産管理会社として活かす道が開けます。どちらが望ましいかは、オーナーの引退後の収入、家族への承継、相続税の見通し、さらには社会貢献への関心まで含めて考えなければ判断できません。

売却の方法は、M&Aの最後に技術的に決めるものではなく、オーナー家の資産全体の設計図の中で位置付けて選ぶもの。それがAEGISの考え方です。売却の準備の全体像は、関連記事「会社売却を考えるなら何年前から準備するか」で、買い手が確認するリスクは「会社を買う前に確認したいリスク」で解説しています。

売却に伴う税務や、売却後に残る資産の構造に関する論点については、アイジス税理士法人の専門領域でもAEGISの考え方を紹介しています。

まとめ

  • 株式譲渡は株主が株式を売る方法、事業譲渡は会社が事業を売る方法です。
  • 株式譲渡ではオーナー個人が対価を受け取り、株式譲渡益は申告分離課税（所得税15%・住民税5%、別途復興特別所得税）の対象です。
  • 事業譲渡では会社が対価を受け取り、個人に移す段階でも課税されるため、二段階課税になりやすい点に注意が必要です。
  • 買い手にとって、株式譲渡は引き継ぐリスクが広く、事業譲渡はリスクを限定しやすい一方、消費税や流通税、移転手続きの負担があります。
  • どちらが適しているかは、税金だけでなく、売却後にオーナー家に何を残すかを含めて判断することが重要です。

具体的にどの方法が適しているかは、会社の資産構成や株主構成、オーナーの意向などの個別事情によって異なります。

よくある質問

Q. 中小企業のM&Aでは、どちらの方法が多いのですか？

一般に、手続きが比較的簡便で、オーナーが直接対価を受け取れる株式譲渡が選ばれることが多いとされています。ただし、引き継ぐリスクを限定したい場合や、一部の事業だけを譲渡したい場合、残したい資産がある場合などには、事業譲渡や会社分割が検討されます。

Q. 株式譲渡なら、オーナーの税金は20%で済むのですか？

個人の非上場株式の譲渡益は、所得税15%・住民税5%の申告分離課税で、これに加えて復興特別所得税（基準所得税額の2.1%）がかかります（国税庁 No.1463）。令和9年分以後は、復興特別所得税が基準所得税額の1.1％（令和8年分までは2.1％）に引き下げられ、あわせて防衛特別所得税（同1％）が課されます（財務省「令和8年度税制改正の解説」）。税額は譲渡益（譲渡価額から取得費や譲渡費用を差し引いた金額）に対して計算されます。売却の方法や退職金との組み合わせによって全体の手取りは変わるため、個別に試算することが大切です。

Q. 事業譲渡をした後の会社はどうなりますか？

会社は残ります。残った資産や負債の内容、オーナー家の意向に応じて、会社を解散・清算するか、残った不動産などを管理する会社として存続させるかを選ぶことになります。存続させる場合は、その会社の株式を次の世代にどう引き継ぐかも検討が必要です。

Q. 従業員を守りたい場合は、どちらが適していますか？

株式譲渡では雇用契約がそのまま続くため、従業員にとっての変化は比較的小さいと考えられます。事業譲渡では、従業員が移籍するために個別の同意が必要で、条件の変化に不安を感じる人が出ることもあります。ただし、どちらの方法でも、売却後の処遇について買い手と十分に話し合っておくことが重要です。

Q. 買い手から事業譲渡を求められた場合、どう考えればよいですか？

買い手がリスクを限定したい、税務上のメリットを得たいといった理由で事業譲渡を希望することがあります。その場合、オーナー側では二段階課税による手取りの減少や、残る会社の扱いを踏まえて、価格を含めた条件全体で比較することが大切です。方法の違いによる損得を、価格の調整で埋められるかどうかが交渉のポイントになります。

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参考資料・出典

公的資料・一次情報

この記事の監修者

監修者 保手浜 洋介

保手浜 洋介

ほてはま ようすけ

公認会計士・税理士・宅地建物取引士｜アイジスグループ代表

相続税・資産税、事業承継、非上場株式評価、 不動産保有設計、ファミリーオフィス業務を 専門領域とする。

税務・会計の専門知識を基盤に、 事業オーナーや資産家の資産管理、 事業承継、財産承継に関する助言を行う。

AEGIS Knowledgeでは、税務・資産管理・ 事業承継等に関する記事の専門的な監修を担当する。

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