AEGIS Knowledge｜オーナーのための知識

非営利型の一般財団法人とは｜法人税の課税範囲と要件、要件を外れた場合の取扱い

書類の束と電卓、ファイルを照合する手元

執筆者:

AEGIS

カテゴリ:

,

一般財団法人を設立するとき、意外と見落とされやすいのが「税務上、どの区分の法人になるか」という問題です。同じ一般財団法人でも、法人税法上の非営利型法人に当たれば、課税されるのは法人税法上の収益事業から生じた所得だけです。当たらなければ、株式会社と同じように、受け取った寄附を含むすべての所得が課税の対象になります。

非営利型法人に当たるための手続は、行政庁の認定ではありません。定款の定めと、理事の構成と、実際の運営が要件を満たしているかどうかで決まります。だからこそ、設立時の設計と、設立後の運営の両方が重要になります。

この記事では、非営利型の一般財団法人の要件、収益事業課税の仕組み、そして要件を外れた場合に何が起きるかを整理します。

一般財団法人の税務上の3つの区分

財団は、法人法上の区分（一般財団法人か公益財団法人か）とは別に、税務上は次の3つに分かれます。公益認定を受けるかどうかの比較は、関連記事「一般財団法人と公益認定の違い」で詳しく扱っています。

項目公益財団法人非営利型の一般財団法人非営利型以外の一般財団法人
法人税法上の区分公益法人等公益法人等普通法人
法人税の課税範囲収益事業のみ（公益目的事業は除く）収益事業のみすべての所得
受け取った寄附収益事業以外なら課税されない収益事業以外なら課税されない受贈益として課税の対象
寄附者の寄附金控除対象対象外対象外
現物寄附のみなし譲渡の非課税特例一般特例・承認特例の対象非営利性が徹底された法人は一般特例の対象対象外
理事の死亡時の相続税課税（特定一般社団法人等）対象外対象外同族理事が過半数などの場合に対象

この表から分かるとおり、非営利型法人に当たるかどうかは、法人税だけでなく、寄附を受けたときの課税、寄附者の税制、さらには理事の相続税にまで影響します。

非営利型法人の2つの類型

法人税法は、一般社団法人・一般財団法人のうち、次のいずれかに当たるものを非営利型法人としています。

  • 非営利性が徹底された法人：事業により利益を得ること、または得た利益を分配することを目的としない法人で、事業を運営する組織が適正であるもの
  • 共益的活動を目的とする法人：会員から受け入れる会費により、会員に共通する利益を図るための事業を行う法人で、事業を運営する組織が適正であるもの

共益的活動を目的とする法人は、業界団体や同窓会のような「会員のための法人」を想定した類型です。社会貢献を目的とする財団では、非営利性が徹底された法人として設計するのが通常です。なお、現物寄附のみなし譲渡の非課税特例（租税特別措置法第40条）の一般特例は、非営利性が徹底された法人への寄附は対象になり得ますが、共益的活動を目的とする法人への寄附は対象になりません。

非営利性が徹底された法人の4つの要件

国税庁の手引によれば、非営利性が徹底された法人に当たるには、次の4つの要件のすべてを満たす必要があります。

1. 剰余金の分配を行わないことを定款に定めていること

財団が得た利益を、設立者や理事などに分配しないことを定款で明らかにします。

2. 解散時の残余財産の帰属先を定款に定めていること

解散したときに、残余財産を国・地方公共団体や、公益社団法人・公益財団法人など一定の公益的な団体に贈与することを定款に定めます。財産が設立者の家族に戻る余地を残さないことが求められます。

3. 定款の定めに反する行為や特別の利益の提供をしたことがないこと

上記1・2の定款の定めに違反する行為（特定の個人や団体に特別の利益を与えることを含みます）を行うことを決定し、または行ったことがないことが要件です。過去の行為も問われる点が特徴です。

4. 理事の親族等が理事総数の3分の1以下であること

各理事について、その理事と、その理事の配偶者・3親等内の親族その他の特殊の関係のある者である理事の合計数が、理事の総数の3分の1以下である必要があります。「特殊の関係のある者」には、事実上婚姻関係にある者、理事の使用人、理事から受ける金銭等で生計を維持している者なども含まれます（法人税法施行規則第2条の2）。また、使用人以外の者で法人の経営に従事している人は、理事とみなして判定するとされています（法人税法施行令第3条第3項）。

たとえば理事が3人の財団であれば、設立者の家族から理事になれるのは1人までで、残り2人は親族等に当たらない人を選ぶことになります。理事が6人であれば、同じ親族グループからは2人までです。理事の辞任や交代で比率が崩れることもあるため、設立時だけでなく、役員の改選のたびに確認が必要です。

「特別の利益」とは何か

要件3の「特別の利益を与えること」について、国税庁の法人税基本通達は、社会通念上不相当な経済的利益の供与や金銭等の交付をいうとし、例を挙げています。専門書の解説をもとに整理すると、次のような行為が典型です。

  • 財団の土地・建物を、特定の人に無償または通常より低い賃料で貸す
  • 無利息または低い利率でお金を貸す
  • 財団の資産を無償または通常より低い価格で譲る
  • 通常より高い賃料で土地・建物を借りる、通常より高い利率でお金を借りる
  • 通常より高い価格で資産を買う、事業に使わない資産を取得する
  • 過大な給与を支払う

設立者の家族が経営する会社と財団が取引する場合などは、条件が通常の取引と比べて妥当かを、記録とともに確認しておくことが大切です。特別の利益は、収益事業以外の事業で行われたものも含まれます。

収益事業課税の仕組み

非営利型法人であっても、すべての所得が非課税になるわけではありません。課税の対象になる「収益事業」とは、販売業・製造業その他の政令で定める事業で、継続して事業場を設けて行われるものをいいます（法人税法第2条第13号）。政令では、物品販売業、不動産貸付業、金銭貸付業、請負業、駐車場業など34の事業が定められています（法人税法施行令第5条）。

財団の活動に引き付けると、次のような点に注意が必要です。

  • 不動産の賃貸や駐車場の運営：財団が保有する不動産を貸して賃料を得る場合、収益事業に当たり、その所得は課税されます。
  • 区分経理：収益事業とそれ以外の事業の収入・費用を区分して経理する必要があります。
  • みなし寄附金は使えない：公益法人では、収益事業から公益目的事業への支出を寄附金とみなして損金に算入する仕組みがありますが、国税庁の手引では、非営利型法人にはこの適用がないとされています。
  • 届出：非営利型法人が新たに収益事業を開始した場合は、開始した日以後2か月以内に、収益事業開始届出書などを所轄税務署に提出します（法人税法第150条）。また、普通法人から非営利型法人になったときなど、区分が変わったときは異動の届出が必要です。

財団の財源として配当や賃料をどう組み合わせるかは、関連記事「株式寄附と財団の運営資金をどう考えるか」で整理しています。

要件を外れた場合の取扱い

非営利型法人の要件は、行政庁の認定を受けるものではないため、要件を欠いた時点で自動的に普通法人になります。このとき、次の3つの影響を考えておく必要があります。

1. 移行時に、過去の非課税の蓄積に課税される

公益法人等である非営利型法人が普通法人に該当することになった場合、その日より前の収益事業以外の事業から生じた所得の累積額（累積所得金額）を、移行した事業年度の益金に算入する仕組みがあります（法人税法第64条の4）。専門書の解説によれば、これは実質的に、収益事業以外の事業で蓄えてきた正味財産に課税する仕組みです。寄附を受けて財産を積み上げてきた財団ほど、移行時の課税が大きくなり得ます。また、区分が変わった時点で事業年度が区切られ、決算と申告が必要になります。

2. 特別の利益を与えた場合は、元に戻れない

理事の構成のように内部の事情で変えられる要件は、満たし直せば再び非営利型法人になり得ます。しかし、国税庁の法人税基本通達は、特別の利益に係る要件を欠いて普通法人となった法人は、その後に再び非営利型法人に該当することはないとしています。特別の利益の提供は、取り返しのつかない要件違反だと理解しておく必要があります。

3. 理事の相続税にも影響する

一般社団法人・一般財団法人のうち、同族理事が理事総数の2分の1を超えるなどの要件に当たる「特定一般社団法人等」については、理事が死亡した場合に、法人を個人とみなして相続税を課す仕組みがあります（相続税法第66条の2）。非営利型法人は、この対象から除かれています。非営利型の要件を外れると、この相続税の課税の対象となる可能性が生じます。

設立時・運営時のチェックポイント

時期確認すること
設立時定款に剰余金の分配禁止と残余財産の帰属先を定めたか／理事の親族等が3分の1以下か
毎年の運営理事の改選で比率が崩れていないか／関係者との取引条件は通常の水準か／収益事業の区分経理と申告をしているか
新しい事業の開始時その事業が収益事業に当たるか／届出が必要か
寄附を受けるとき寄附者や家族に特別の利益を与える条件が付いていないか

AEGISの視点

非営利型の一般財団法人は、公益認定の重い手続を経ずに、法人税の面では公益法人等として扱われる、使い勝手の良い器です。一方でAEGISは、その使い勝手の良さが、行政庁の監督がない分、自ら規律を保ち続けなければならないことの裏返しでもあると考えています。

特に、オーナー家族が設立する財団では、「家族のための財団」に見えてしまう運営が、税務上の要件違反に直結します。理事の3分の1要件は、家族だけで財団を動かさないための仕組みです。特別の利益の禁止は、財団の財産が家族の財産と混ざらないための仕組みです。これらを「税務上の要件」としてではなく、財団の信頼を守るためのガバナンスとして設計に組み込むことが大切です。

また、非営利型法人は寄附者の寄附金控除の対象にならないため、広く寄附を集めて活動を拡大したい場合には、いずれ公益認定を目指すという選択肢も視野に入ります。今は非営利型で始め、活動の実績を積んでから公益認定を受ける。その道筋を最初から描いておくことが、財団の設計の質を高めるとAEGISは考えています。財団設計の全体像は、関連記事「社会貢献を続ける財団をどう設計するか」で解説しています。

財団の法人税や寄附に関する資産税務の論点については、アイジス税理士法人の専門領域でもAEGISの考え方を紹介しています。

まとめ

  • 一般財団法人は、税務上の非営利型法人に当たれば、法人税の課税が収益事業の所得に限られます。当たらなければ、受け取った寄附を含むすべての所得が課税対象です。
  • 財団では通常、非営利性が徹底された法人として、剰余金の分配禁止・残余財産の帰属先の定款の定め、特別の利益の禁止、理事の親族等3分の1以下の4要件を満たすように設計します。
  • 非営利型でも、不動産貸付など34の収益事業の所得は課税され、みなし寄附金の適用はありません。
  • 要件を外れると、累積所得金額の益金算入による課税が生じ得るほか、特別の利益を与えた場合は再び非営利型法人に戻れず、理事の相続税の課税対象となる可能性もあります。
  • 具体的な判定は、定款・役員構成・取引の実態によって異なります。

よくある質問

Q. 非営利型法人になるには、税務署の承認が必要ですか？

承認や認定は必要ありません。要件を満たしていれば非営利型法人に当たり、満たさなければ普通法人になります。ただし、区分が変わったときや収益事業を開始したときには、所轄税務署への届出が必要です。

Q. 設立者が理事長を務めることはできますか？

できます。ただし、設立者とその配偶者・3親等内の親族などである理事の合計数を、理事総数の3分の1以下に収める必要があります。理事を3人とする場合、設立者以外の2人は親族等に当たらない人とすることになります。

Q. 非営利型の財団に寄附すると、寄附者は寄附金控除を受けられますか？

一般に、非営利型の一般財団法人への寄附は、所得税の寄附金控除の対象になりません。ただし、株式や不動産などの現物の寄附については、非営利性が徹底された法人であれば、国税庁長官の承認を受けた場合のみなし譲渡の非課税特例（一般特例）の対象になり得ます。

Q. 財団が賃貸不動産を持つと、非営利型ではなくなりますか？

不動産の賃貸を行っても、そのことだけで非営利型法人でなくなるわけではありません。ただし、不動産貸付業は収益事業に当たるため、その所得には法人税が課されます。賃料の水準が設立者の家族などに有利な条件になっていると、特別の利益の問題が生じるおそれがあります。

Q. 非営利型の要件を一時的に外れてしまった場合、どうなりますか？

要件を欠いた時点で普通法人となり、それまでの収益事業以外の事業の累積所得金額が益金に算入される課税が生じ得ます。理事構成のように満たし直せる要件であれば再び非営利型法人になり得ますが、特別の利益を与えたことによる場合は、再び非営利型法人に該当することはないとされています。

関連するAEGISのソリューション

この記事のテーマに関連する、AEGISのソリューションです。

  • 社会貢献を軸にした事業承継：財団の活用や非上場株式の寄附の適合性を検討し、経営権・配当・財団の運営・税務・実行後の管理を整理します。
  • 高所得者の方へ：所得と資産の両面から、税負担と資産形成を整理する支援をまとめています。
  • 事業オーナーの方へ：会社と株式、ご家族の承継を一つの計画として整理する、AEGISの支援の流れをまとめています。
  • 不動産の最適保有設計（POD）：個人・法人等の取得形態と、税引後の手残り・融資・出口を、物件の購入前に設計します。
  • 社会貢献型事業承継：自社株・経営権・ご家族への配分と、社会貢献の形を一つの設計として検討します。

参考資料・出典

公的資料・一次情報

書籍

  • 『公益法人・一般法人のQ&A 運営・会計・税務（五訂版）』稲葉威雄・鳥飼重和・中田ちず子 監修、大蔵財務協会
  • 『令和7年4月施行対応 フローでわかる 一般／公益 社団・財団法人運営ガイドブック』富川昌之 著、新日本法規出版
  • 『社団・財団・信託を活用した資産・事業承継対策』品川芳宣 編著、大蔵財務協会

この記事の監修者

監修者 保手浜 洋介

保手浜 洋介

ほてはま ようすけ

公認会計士・税理士・宅地建物取引士｜アイジスグループ代表

相続税・資産税、事業承継、非上場株式評価、 不動産保有設計、ファミリーオフィス業務を 専門領域とする。

税務・会計の専門知識を基盤に、 事業オーナーや資産家の資産管理、 事業承継、財産承継に関する助言を行う。

AEGIS Knowledgeでは、税務・資産管理・ 事業承継等に関する記事の専門的な監修を担当する。

投稿をさらに読み込む