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財団に土地や株式を寄附したときの譲渡所得の非課税｜措置法40条の承認要件・申請期限・承認後の管理

年配の男性と女性担当者が資料を前に相談する様子

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AEGIS

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個人が土地・建物・株式などを法人に寄附すると、お金を受け取っていなくても、寄附した時の時価で売ったものとみなして所得税（譲渡所得）が課税されるのが原則です。これを「みなし譲渡」といいます。

この課税を受けないための制度が、租税特別措置法（措置法）40条です。国や地方公共団体への寄附は手続なしで非課税になりますが、公益財団法人などの公益法人等への寄附は、国税庁長官の承認を受けて初めて非課税になります。承認は、寄附の日から原則4か月以内に申請しなければならず、承認を受けた後も、寄附した財産が公益目的事業に使われ続けることが求められます。

この記事では、措置法40条の承認制度に絞って、要件・申請期限・承認後の管理・取消しと課税・買換えの扱いを整理します。

なぜ寄附した人に税金がかかるのか

所得税法59条は、個人が法人に財産を贈与・遺贈した場合、その時の価額で譲渡があったものとみなすと定めています。長年保有して値上がりした土地や、創業時から持っている自社株を寄附すると、取得した時から寄附した時までの値上がり益に課税されることになります。

寄附をする人から見ると、財産を手放したうえに税金を負担するという、直感に反する結果です。そこで措置法40条は、公益の増進に役立つ寄附について、一定の要件のもとでこの課税を行わないこととしています。

寄附先譲渡所得の扱い手続
国・地方公共団体課税されない（措置法40条1項前段）特に要件・手続なし
公益法人等（公益社団・公益財団法人、特定一般法人、社会福祉法人・学校法人など公益を目的とする事業を行う法人、公益信託の受託者）国税庁長官の承認を受けた場合に課税されない（同項後段）承認申請が必要
上記以外の法人（会社、非営利型でない一般社団・一般財団法人など）原則どおりみなし譲渡課税—

※AEGIS作成。対象法人の詳細は国税庁の手引き・通達で確認が必要です。

なお、「特定一般法人」とは、非営利性が徹底された一般社団・一般財団法人（剰余金を分配しない旨や残余財産の帰属先の定款の定め、理事の親族等の割合が3分の1以下であることなどの要件を満たす法人）を指します。

承認を受けるための基本的な要件

措置法40条の承認を受けるには、政令で定める要件をすべて満たす必要があります（租税特別措置法施行令25条の17）。考え方としては次の3つです。

  1. 公益の増進に著しく寄与すること：寄附を受けた法人の公益目的事業が、その地域や分野で社会的に認識される程度の規模を持ち、受益が特定の人に偏らず、営利企業的に運営されていないことなどが判断材料とされています。
  2. 寄附から2年以内に公益目的事業の用に直接使われること：寄附した財産そのもの（一定の代替資産を含みます）が、寄附の日から2年を経過する日までに、受け取った法人の公益目的事業に直接使われる、または使われる見込みであることが必要です。建物の建設に通常2年を超えるなどやむを得ない事情があれば、国税庁長官が認める日まで延長されます。
  3. 寄附者や親族の税負担を不当に減少させないこと：寄附によって、寄附者の所得税や、親族などの相続税・贈与税が不当に軽くなる結果にならないことです。

「直接使う」の意味に注意

2の要件で誤解が多いのは、「直接」の意味です。国税庁の質疑応答事例では、次のような場合は公益目的事業の用に直接供されているとは認められないとされています。

  • 寄附を受けた土地を他の法人に無償で貸している場合
  • 寄附を受けた土地に建物を建てて第三者に貸し、賃料を奨学金に充てている場合
  • 配当が行われていない株式（無配株）を寄附した場合

株式の寄附では、その配当を公益目的事業に充てることが前提になります。会社の配当方針が寄附の可否に直結するため、株式の寄附を検討する場合は、配当の見通しと財団の事業計画をあわせて確認する必要があります。

「不当減少」にならないための条件

国税庁の手引きでは、寄附者やその親族が法人を私的に支配していないことを前提に、次のような条件を満たせば不当減少に当たらないものとして扱うとされています。

  • 運営組織が適正で、定款等に役員等のうち親族等の割合を3分の1以下とする定めがあること
  • 寄附者や役員等、その親族等に特別の利益を与えないこと
  • 解散時の残余財産が国・地方公共団体や他の公益法人等に帰属する旨の定めがあること
  • 公益に反する事実がないこと
  • 株式の寄附の場合、寄附後に法人が保有するその会社の株式が発行済株式総数の2分の1を超えないこと

最後の株式保有割合の条件は、自社株を財団に寄附する事業承継の設計で特に重要です。議決権のない株式も含めて判定される点に留意が必要です。

一般特例と承認特例：2つのルート

措置法40条の承認には、すべての公益法人等を対象とする「一般特例」と、一定の法人に限って手続を簡素化した「承認特例」があります。

比較項目一般特例承認特例
対象となる受け手公益法人等全般公益社団・公益財団法人、国立大学法人等、学校法人、社会福祉法人、認定NPO法人等、公益信託の受託者
主な要件公益増進への著しい寄与、2年以内の直接使用、不当減少でないこと寄附者が受け手の役員等・社員やその親族等でないこと、寄附財産を一定の基金で管理するか、不可欠特定財産として定款に定めること など
審査の期間個別に審査申請から1か月以内（株式等は原則3か月以内）に承認・不承認の決定がなければ、承認があったものとみなされる
向いている場面寄附者自身が理事等として関わる財団への寄附など第三者として、既存の公益法人等に寄附する場合

※AEGIS作成。要件の詳細は租税特別措置法施行令25条の17と国税庁の手引きで確認が必要です。

オーナーが自ら設立し理事を務める財団に寄附する場合、承認特例は使えず、一般特例で審査を受けることになるのが一般的です。一般特例は審査に時間を要することがあるため、寄附の実行時期と申請準備のスケジュールを逆算しておくことが大切です。

申請期限：寄附から4か月以内が原則

承認申請書は、寄附の日から4か月以内（その期間が経過する前に、寄附した年分の所得税の確定申告期限が到来する場合は、その期限まで）に、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出します（租税特別措置法施行令25条の17第1項、国税庁タックスアンサーNo.3108）。

申請書には、寄附を受ける法人が記載内容を確認したことを証する書類を添付します。法人側の協力が欠かせないため、寄附者だけで準備を進めることはできません。期限内に申請できなかった場合、国税庁長官がやむを得ない事情があると認めるなど限られた場合を除き、非課税の扱いは受けられません。

年末に寄附をすると、翌年3月の確定申告期限が先に来るため、実質的な準備期間が短くなる点にも注意が必要です。

承認後に求められる管理

承認を受けて終わりではありません。措置法40条は、承認後に一定の事実が生じた場合、国税庁長官が承認を取り消すことができると定めています。

取消しと課税の関係

生じた事実課税される人根拠
寄附から2年以内に公益目的事業に直接使われなかった寄附をした人（承認取消し時に寄附があったものとみなす）措置法40条2項
いったん直接使った後、使わなくなった、など寄附を受けた公益法人等（法人を寄附者とみなして所得税を課税）措置法40条3項

※AEGIS作成。

取消しによる課税は、寄附から何年も後に起こり得ます。寄附者側としては、財団の運営が寄附時の想定どおりに続くかどうかに、自らの税務リスクが一定期間結びついていることを理解しておく必要があります。

財産を入れ替えたいとき：買換えの扱い

寄附を受けた法人が、寄附財産を売却して別の資産に替えると、原則として「直接使わなくなった」ことになり得ます。措置法40条5項は、例外として次のような場合に承認を継続できる仕組みを設けています。

  • 公益目的事業に2年以上直接使ってきた財産を譲渡し、譲渡代金の全額で同種の資産や土地等（買換資産）を取得する場合で、譲渡の日の前日までに所定の書類を提出したとき（買換資産は、原則として譲渡の翌日から1年以内に公益目的事業に直接使うことが必要）
  • 一定の基金などで管理している寄附財産を譲渡し、代金の全額で取得した資産（特定買換資産）を同じ方法で管理し続ける場合で、同様に書類を提出したとき

このほか、法人の合併や解散、公益認定の取消しなどの場面にも、承認を引き継ぐための手続が用意されています。いずれも「事前に書類を出す」ことが前提になっているため、財団の運営担当者が制度を理解していることが重要です。

寄附金控除との関係

公益法人等への寄附は、所得税の寄附金控除の対象となる場合があります。ただし、措置法40条の非課税の適用を受ける寄附について、寄附金控除の対象となる金額は寄附時の時価ではなく、その財産の取得価額とされています（国税庁 質疑応答事例「国等に対して相続財産を贈与し、相続税の非課税規定の適用を受けた場合」）。値上がり益に課税しない代わりに、控除額も取得価額にとどめるという関係です。

寄附金控除と税額控除の選び方については、関連記事「寄附金控除と税額控除はどちらを選ぶか」で整理しています。

AEGISの視点

措置法40条は、「寄附した人に課税しない」ための制度ですが、その要件の多くは寄附を受ける側の法人の姿を問うものです。役員構成、定款、事業の実態、財産の使い方、さらに株式の保有割合まで、受け手の法人がどう設計され、どう運営されるかが、寄附者の税負担を左右します。

AEGISは、措置法40条の承認を「寄附の手続」ではなく、寄附者と法人が長期にわたって共有する約束として捉えています。とくに自社株を財団に寄附する場合、配当方針、議決権の行使、財団の事業計画、理事の構成は一つにつながっています。承認後に配当が途絶えたり、財団の事業が縮小したりすれば、取消しのリスクが現実味を帯びます。寄附の前に、会社と財団の両方の将来像を描いておくことが、制度を使う前提になると考えています。

非上場株式の寄附で事前に決めておきたい事項は親記事「非上場株式を財団に寄附する前に決めること」で、財団全体の設計は「社会貢献を続ける財団をどう設計するか」で解説しています。相続で受け取った財産を寄附する場合の相続税の扱いは「相続した財産を寄附したときの相続税の非課税」で扱っています。

資産税務や財団に関する論点については、アイジス税理士法人の専門領域でもAEGISの考え方を紹介しています。

まとめ

  • 個人が土地・株式などを法人に寄附すると、時価で譲渡したものとみなされ、値上がり益に所得税が課税されるのが原則です（所得税法59条）。
  • 国・地方公共団体への寄附は手続なしで非課税、公益法人等への寄附は国税庁長官の承認を受けた場合に非課税になります（措置法40条）。
  • 承認には、公益増進への著しい寄与、2年以内の直接使用、税負担の不当減少がないことが必要です。株式の場合は保有割合2分の1以下などの条件にも注意します。
  • 申請は寄附の日から4か月以内（確定申告期限が先に来る場合はその期限）が原則です。
  • 承認後も、使わなくなった場合などには承認が取り消され、寄附者または法人に課税されることがあります。財産の入れ替えには買換えの手続があります。
  • 具体的な適用可否は、受け手の法人の状況と寄附財産の内容によって異なります。

よくある質問

Q. 自分が理事長を務める財団に土地を寄附しても、非課税の承認は受けられますか？

受けられる可能性はありますが、承認特例は使えず、一般特例の審査を受けることになるのが一般的です。その場合、役員等に占める親族等の割合が3分の1以下であること、寄附者や親族に特別の利益を与えないことなど、財団が私的に支配されていないことが確認されます。財団の役員構成や定款を寄附前に点検しておくことが大切です。

Q. 寄附した土地を財団が駐車場として貸し、その収入を公益事業に使う場合はどうなりますか？

国税庁の質疑応答事例では、寄附を受けた土地に建物を建てて第三者に貸し、賃料を奨学金に充てる場合は、公益目的事業の用に直接供されているとは認められないとされています。賃貸して収益を事業に充てる形は、原則として「直接使う」に当たらない点に注意が必要です。

Q. 承認申請の期限は延ばせますか？

原則として延長はできません。寄附の日から4か月以内（確定申告期限が先に来る場合はその期限）に、法人の確認書類を添付して提出する必要があります。期限後の提出が認められるのは、国税庁長官がやむを得ない事情があると認める場合など、限られた場面です。

Q. 承認が取り消されると、誰に税金がかかりますか？

取消しの理由によって異なります。寄附から2年以内に公益目的事業に直接使われなかった場合は寄附をした人に、いったん使った後に使わなくなった場合などは寄附を受けた法人に、所得税が課税されます。

Q. 寄附した株式を財団が売却して別の株式に替えることはできますか？

原則として、寄附財産を売却すると承認が取り消される可能性があります。ただし、一定の基金などで管理している財産を売却し、代金の全額で取得した資産を同じ方法で管理し続ける場合など、事前に書類を提出することで承認が継続する仕組みがあります。売却を予定する場合は、実行前に要件を確認する必要があります。

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参考資料・出典

公的資料・一次情報

書籍

  • 『令和2年版 租税特別措置法第40条関係通達逐条解説』大野隆太 編、大蔵財務協会、参考1（国税庁「租税特別措置法第40条の規定による承認申請書」の記載のしかた（抜粋））P.317-340
  • 『令和7年4月施行対応 フローでわかる 一般／公益 社団・財団法人運営ガイドブック』富川昌之 著、新日本法規出版、第3章 P.310-311

この記事の監修者

監修者 保手浜 洋介

保手浜 洋介

ほてはま ようすけ

公認会計士・税理士・宅地建物取引士｜アイジスグループ代表

相続税・資産税、事業承継、非上場株式評価、 不動産保有設計、ファミリーオフィス業務を 専門領域とする。

税務・会計の専門知識を基盤に、 事業オーナーや資産家の資産管理、 事業承継、財産承継に関する助言を行う。

AEGIS Knowledgeでは、税務・資産管理・ 事業承継等に関する記事の専門的な監修を担当する。

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