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買収した会社の不動産をどう持つか｜事業会社・不動産保有会社・オーナー個人の比較と移し方の課税

複数の建物模型を囲んで検討する3人

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AEGIS

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会社を買収すると、株式と一緒に、その会社が持つ本社・工場・店舗などの不動産も手に入ります。買収後にこの不動産をどこに置くかについて、AEGISの結論は「原則は事業会社に残し、移す理由がはっきりしている場合にだけ移す」です。

不動産を別の会社や個人に移せば、グループの資産管理を整理しやすくなる面があります。その一方で、移すたびに法人税・消費税・流通税などの負担が生じ、借入れの条件や事業の安定性にも影響します。「何のために移すのか」と「移すコストに見合うか」を、買収の前後で一度に検討しておくことが大切です。

この記事では、買い手の立場から、事業会社に残す・グループの不動産保有会社に移す・オーナー個人が持つという3つの置き場所を比較し、移し方ごとの課税と、資金調達との関係を整理します。

買収後に不動産の置き場所が問題になる理由

株式を買って会社を取得する場合、対象会社が持っている不動産は、対象会社の資産のまま買い手グループに入ります。そのため、買収直後は何もしなくても「事業会社が不動産を持っている」状態が続きます。

それでも置き場所が問題になるのは、主に次のような事情があるからです。

  • グループの方針と合わない：不動産は親会社や専用の会社に集めて管理する、という方針の買い手もあれば、事業に必要なものは事業会社に持たせるという方針の買い手もあります。
  • 事業と関係の薄い不動産が含まれている：本業とは別に賃貸用の物件を持っている会社を買った場合、事業の評価とは切り離して扱いたいことがあります。
  • 買収資金の調達や返済に使いたい：不動産を担保にする、売却して資金化するなど、資金の手当てと不動産の扱いが結びつくことがあります。
  • 将来の再編や再売却を見据えたい：事業を将来さらに売却する可能性があるなら、不動産を一緒に売るのか、手元に残すのかを考えておく必要があります。

なお、買収前の調査で確認すべき不動産のリスク（権利関係・担保・土壌や建物の状態など）は、関連記事「会社を買う前に確認したいリスク」で扱っています。本記事は、調査を終えて取得した後の「持ち方」に焦点を当てます。

3つの置き場所を比較する

買収後の不動産の置き場所は、大きく次の3つに分けられます。

比較の視点①事業会社に残す②グループの不動産保有会社に移す③オーナー個人が持つ
移転のコスト生じない法人税・消費税（建物）・流通税などが生じ得る法人税・消費税（建物）・流通税に加え、価格設定の論点が生じやすい
事業の安定性不動産と事業が一体で安定しやすいグループ内の賃貸借で使用を確保する個人との賃貸借になり、相続などの影響を受けやすい
資金調達事業と不動産を一体で評価してもらいやすい不動産保有会社で担保・借入れを集約しやすい個人の借入れ・保証が必要になりやすい
事業の再売却不動産ごと売る前提になりやすい事業だけを売り、不動産を残す選択がしやすい事業だけを売り、賃貸を続ける形になりやすい
管理の手間事業会社の中で完結会社間の契約・賃料設定・記帳が必要会社と個人の間の契約・確定申告が必要

※AEGISが整理した比較の目安です。実際の有利不利は、不動産の含み益、借入れの状況、グループの構成によって変わります。

①事業会社に残す

最もシンプルなのは、買収した会社にそのまま不動産を持たせ続ける方法です。移転のコストがかからず、事業に必要な拠点を自社で確保できるため、事業の安定性という点では最も分かりやすい形です。

一方で、事業会社の貸借対照表が大きくなり、不動産の価値の変動や維持費が事業の収益と混ざって見えにくくなることがあります。事業と関係の薄い賃貸物件まで抱えている場合は、事業の実力が分かりにくくなる点にも注意が必要です。

②グループの不動産保有会社に移す

親会社や、不動産を専門に持つグループ会社に不動産を移し、事業会社がそれを借りる形です。不動産をまとめて管理でき、グループ内で賃料を通じて資金を集める仕組みをつくりやすくなります。将来、事業会社だけを売却する場合にも、不動産を手元に残すという選択がとりやすくなります。

ただし、移すときに後述する課税や手続きが生じ、移した後は会社間の賃貸借契約、賃料の水準、修繕の負担などを継続して管理する必要があります。賃料が事業会社の収益を圧迫しすぎると、事業会社の資金繰りや金融機関の評価に影響することもあります。

③オーナー個人が持つ

買い手がオーナー企業の場合、オーナー個人で不動産を持ち、会社に貸すという発想が出てくることがあります。会社から個人へ賃料として資金を移せる、将来の相続や承継の設計に組み込みやすい、といった考え方です。

ただ、法人から個人への移転は、取引価格が適正でなければ、会社側・個人側の双方で思わぬ課税が生じるおそれがあります。個人で借入れや保証を負うことにもなり、オーナーの相続が起きれば事業に不可欠な拠点の所有者が変わります。事業の安定性を優先するなら、慎重に考えたい選択肢です。

不動産を移す方法と課税

置き場所を変える場合、実務で検討される主な方法は「売買」と「会社分割」です。

売買で移す

最も分かりやすいのは、事業会社が不動産を時価で売り、移転先が買い取る方法です。

  • 法人税：事業会社では、時価と帳簿価額の差額が譲渡損益になります。古くから持っている土地は含み益が大きく、売却益に法人税がかかることがあります。
  • グループ内の取引の特例：買い手グループの会社どうしが完全な支配関係（100%の資本関係）にある場合、土地などの一定の資産を移したときの譲渡損益を、譲渡した会社でいったん繰り延べる「グループ法人税制」の仕組みがあります（法人税法61条の11）。ただし、譲渡直前の帳簿価額が1,000万円未満の資産は対象外とされるなど対象資産や、その後の取扱いには要件があるため、個別の確認が必要です。オーナー個人への売却は、この仕組みの対象になりません。
  • 消費税：土地の譲渡は消費税が非課税ですが、建物の譲渡は課税されます（国税庁 No.6201）。土地と建物の価額の区分は、税負担と移転先の資金負担の両方に影響します。
  • 流通税：移転先では、所有権移転の登記に伴う登録免許税や、不動産取得税の負担が生じます。

売買であれば、移転先は代金を用意しなければなりません。不動産保有会社が金融機関から借り入れて購入する場合には、後述する資金調達の論点とセットで考える必要があります。

会社分割で移す

会社法上の会社分割（既存の会社に承継させる吸収分割、新設する会社に承継させる新設分割。会社法2条29号・30号）を使って、不動産を別会社に移す方法もあります。会社分割は、権利義務を包括的に承継させる手続きで、分割の対価として承継会社の株式を交付する方法をとれば、売買のような代金の準備が不要になります。

ここで注意したいのは、会社分割は「事業」に関する権利義務を移す仕組みだという点です。第三者に貸している賃貸物件のように、それ自体が一つの事業として成り立っているものは分割の対象として整理しやすい一方、自社で使っている本社や工場だけを切り出す場合は、それだけで「事業」と言えるかが問題になり得ます。

税務上は、一定の要件（税制適格要件。法人税法2条12号の11）を満たす会社分割であれば帳簿価額で引き継ぐことができますが、要件を満たさない場合は時価で移したものとして課税されます。また、不動産取得税は、分割の対価として承継会社の株式以外の資産を交付しないことに加え、分割する事業の主要な資産・負債の移転、事業の継続、従業者のおおむね8割以上の引継ぎといった要件を満たす分割による取得であれば、課されないこととされています（地方税法73条の7第2号、同法施行令37条の14）。分割の後に株式を手放す予定があるかどうかなど、分割後の資本関係の継続も要件に関わるため、買収後の再編計画として事前に全体像を描いておくことが欠かせません。

会社分割には、債権者を保護するための手続きや、従業員の労働契約の承継に関する手続きも伴います。手間と期間がかかるため、単に「代金が要らないから」という理由だけで選ぶのは避けたいところです。

方法ごとの比較

比較の視点売買会社分割
移転先の資金代金の準備が必要株式を対価とすれば不要
課税の基本時価で譲渡損益（グループ法人税制の対象となる場合あり）要件を満たせば帳簿価額、満たさなければ時価
手続きの負担売買契約・登記・取締役会等の承認分割計画等の作成、債権者保護手続、労働契約の承継手続、登記
向いている場面移す不動産が限られ、資金の手当てがつく場合賃貸事業など、事業単位で切り出せる場合

※具体的な課税関係は、資本関係、不動産の含み益、分割後の株主構成などで変わります。

資金調達との関係

買収後の不動産の持ち方は、資金調達の設計と切り離せません。

  • 買収資金の借入れの担保：買収資金を借り入れる際、対象会社の不動産が担保として期待されることがあります。不動産を別会社に移す予定がある場合は、担保の設定先や順序を金融機関と事前にすり合わせておく必要があります。
  • 既存の借入れの条件：対象会社がすでに借入れをしている場合、担保に入っている不動産を移すには金融機関の同意が必要です。契約によっては、資産の処分や株主の変更が期限の利益の喪失につながる条項があるため、買収前の調査の段階で確認しておきます。
  • 売却して資金化する選択：不動産をグループ外に売り、その後も借り続ける方法（いわゆるセール・アンド・リースバック）で資金を回収する考え方もあります。資金は得られますが、長期にわたり賃料を払い続けることになり、事業拠点の自由度も下がります。

どの方法を選んでも、最終的には事業会社が賃料や返済を無理なく負担できるかが判断の基準になります。不動産の持ち方を変えた後の数年間の資金繰りを試算し、事業会社の手元資金が細らないかを確かめておきましょう。

新たな賃貸借関係をつくるときの注意

不動産を移すと、事業会社と所有者の間に新しい賃貸借関係が生まれます。とくに、土地だけを移し、建物は事業会社に残すといった形をとると、借地権の扱いが問題になります。

法人が他人の土地に建物を所有する場合、権利金の授受や地代の水準によっては、借地権の価値が移転したとみなされて課税される場合があります。通常の権利金を払わない場合の対応として、相当の地代を支払う方法や、土地の無償返還に関する届出を提出する方法があります。詳しい仕組みは関連記事「土地の無償返還に関する届出と相当の地代」で解説しています。

建物ごと移す場合も、賃料の水準を近隣の相場や不動産の収益性から説明できるようにし、契約書と支払いの実績を残しておくことが基本です。所有と運営を分けることの意味と注意点は、関連記事「土地所有者と事業運営会社を分ける設計とは」も参考になります。

売り手のオーナー個人が持つ不動産が絡む場合

中小企業の買収では、対象会社が使っている土地を売り手のオーナー個人が持っていることも珍しくありません。この場合、買い手は「土地を一緒に買うか」「借り続けるか」「一定期間後に移転するか」を交渉で決めることになります。

土地も買う場合は、誰が買うか（対象会社か、買い手の親会社などか）を決める必要があり、ここで本記事の論点がそのまま現れます。対象会社に買わせるなら事業と一体で持つ形に、親会社などが買うならグループで不動産を集約する形になります。売り手側から見た整理の仕方は、関連記事「会社売却の前に整理したいオーナー個人所有の事業用不動産」で扱っています。

実務上注意したいポイント

  • 買収の前に方針を決める：取得後に方針を考え始めると、借入れの担保設定や従業員への説明をやり直すことになりがちです。基本合意から最終契約までの間に、取得後の持ち方の方針を固めておくのが理想です。
  • 「移さない」も立派な選択肢：移転には税負担と手間がかかります。移す目的が抽象的なままなら、まずは事業会社に残し、必要が生じた段階で改めて検討する方が合理的な場合も多くあります。
  • 会社分割の後の売却に注意：分割で不動産や事業を切り分けた後に、一方の会社を売却する計画がある場合、税制適格要件との関係で想定外の課税が生じるおそれがあります。分割と売却の順序は、専門家と慎重に検討してください。
  • 許認可・契約への影響：不動産を移すことで、営業許可の対象となる施設の使用権原や、取引先との契約上の拠点の扱いが変わることがあります。
  • 固定資産税の負担者と精算：年の途中で所有者が変わる場合の固定資産税の精算方法も、契約で取り決めておきます。

AEGISの視点

買収後の不動産の持ち方は、税金の損得だけで決めると判断を誤りやすいテーマです。不動産を親会社や個人に移せば賃料で資金を集められる、という発想はよく聞かれますが、その裏側では、事業会社が毎月の賃料を払い続け、移転時には含み益への課税と流通税を負担することになります。

AEGISは、この問題を「事業をどう育てるか」と「不動産をどう保有するか」を、一つの時間軸に並べて考える設計だと捉えています。事業をこの先も自ら育てるのか、いずれ再び売却する可能性があるのか。不動産は事業のための拠点なのか、それ自体が収益と資産形成を担うものなのか。この問いに答えられれば、置き場所はおのずと絞られます。

不動産の取得・保有の形を税引後の手残りと将来の承継まで含めて考える視点は、M&Aで取得した不動産にもそのまま当てはまります。会社の売却や買収の準備をいつから始めるべきかという全体像は、関連記事「会社売却を考えるなら何年前から準備するか」で解説しています。

組織再編や不動産の保有形態に関する税務の考え方は、アイジス税理士法人の専門領域でも紹介しています。

まとめ

  • 株式で会社を買収すると、対象会社の不動産はそのまま事業会社の資産として残ります。
  • 置き場所は、①事業会社に残す、②グループの不動産保有会社に移す、③オーナー個人が持つ、の3つに大別できます。
  • 移す方法には売買と会社分割があり、売買では時価での譲渡損益・消費税（建物）・流通税が、会社分割では税制適格要件や債権者保護手続などが論点になります。
  • 不動産の持ち方は、買収資金の借入れや既存の借入れの担保と一体で検討する必要があります。
  • 移す目的がはっきりしない場合は、事業会社に残すことも合理的な選択です。具体的な判断は個別事情によって異なります。

よくある質問

Q. 買収した会社の不動産は、親会社に移した方が有利ですか？

一概には言えません。親会社に集約すると管理や将来の事業売却がしやすくなる面がありますが、移す時点で売却益への課税や流通税がかかり、事業会社は以後賃料を負担することになります。移転の目的と、そのコストを比べて判断することが大切です。

Q. 100%子会社から親会社へ土地を売る場合、売却益に税金はかかりますか？

完全な支配関係にある法人間で土地などの一定の資産を譲渡した場合、譲渡損益を譲渡した会社でいったん繰り延べるグループ法人税制の仕組みがあります。ただし、その後に資産をグループ外に売却した場合などには繰り延べた損益が実現するなど、要件と取扱いが定められています。適用の可否は個別に確認してください。

Q. 会社分割を使えば、税金をかけずに不動産だけを移せますか？

会社分割は「事業」に関する権利義務を移す仕組みのため、自社で使っている不動産だけを切り出す場合には、要件の面で慎重な検討が必要です。税制適格要件を満たさなければ時価で移したものとして課税されます。また、債権者保護手続や労働契約の承継手続も必要になります。

Q. 売り手のオーナー個人が持っている工場の土地は、買い取るべきですか？

買い取る、借り続ける、一定期間後に移転するなどの選択肢があり、売り手の希望と買い手の方針・資金によって決まります。買い取る場合は、対象会社に買わせるか、親会社などが買うかで、その後の不動産の持ち方が変わります。

Q. 不動産を売却して借り続ける方法は、どんなときに検討されますか？

買収資金の回収や、財務体質の改善を急ぎたいときに検討されることがあります。ただし、長期の賃料負担が続き、拠点の改修や移転の自由度も下がります。事業会社の数年先の資金繰りを試算したうえで判断することが重要です。

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参考資料・出典

公的資料・一次情報

書籍

  • 『中小企業M&AのFA業務マニュアル』渡部潔 著、中央経済社、P.59-73、P.159-163
  • 『目的&ケース別 M&A・組織再編成の税務ストラクチャー徹底比較』蝋山竜利・中島礼子・小林誠 著、中央経済社、P.9、P.20

この記事の監修者

監修者 保手浜 洋介

保手浜 洋介

ほてはま ようすけ

公認会計士・税理士・宅地建物取引士｜アイジスグループ代表

相続税・資産税、事業承継、非上場株式評価、 不動産保有設計、ファミリーオフィス業務を 専門領域とする。

税務・会計の専門知識を基盤に、 事業オーナーや資産家の資産管理、 事業承継、財産承継に関する助言を行う。

AEGIS Knowledgeでは、税務・資産管理・ 事業承継等に関する記事の専門的な監修を担当する。

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